Во второй половине XIX начале ХХ века на территории Цинской империи вновь развернули активную деятельность католики, имевшие богатый опыт работы в Китае и получившие благодаря покровительству из Европы широкие права и свободы, политическую и материальную поддержку. С 1843 по 1866 год вдвое выросло число католических епископов в Китае, а численность миссионеров достигла 233 человек.

Во второй половине XIX века из восьми действующих в Китае католических миссий самой крупной была миссия Парижской семинарии («des Missions Etrangeres»), имевшая 10 викарных епархий. В этой миссии работало 250 миссионеров, численность обращенных составляла 175 тыс. человек. С середины XIX века в Китае работала и заняла прочные позиции миссия Бельгийской и Миланской семинарий.

Орден иезуитов в Китае к концу XIX века был представлен двумя викариями, 130 миссионерами и имел 140 тыс. человек паствы. В 1872 г. иезуиты создали в Китае исследовательский центр с обсерваторией и библиотекой. Свои миссии в Китае имели лазаристы, францисканцы, доминиканцы. В 1879 г. миссию в Китае основали и августинцы.

Католические миссионеры в Цинской империи представляли разные страны Европы. Например, итальянские интересы были представлены в Китае преимущественно миссионерами–капуцинами и патерами из миланской миссионерской общины в провинциях Хунань, Шэньси, Шаньси, Хэбэй, Хэнань и северной части Шаньдуна. В 1882 г. итальянские францисканцы провинции Шаньдун уступили часть подведомственной территории нескольким немецким священникам из Мюнстерской епархии (Вестфалия), работавшим от имени Голландской Стейльской обители. Основатель новой миссии И. В. Анцер из Регенсбурга в 1886 г. стал апостольским викарием. В 1887 г. в южной части провинции Шаньдун была основана немецкая католическая миссия.

К концу XIX века большинство католических викариев (епископов) были французами, девять кафедр занимали итальянцы, остальные испанцы и бельгийцы. Несмотря на множество миссий, представлявших разные страны и ордена, католики в Китае сохраняли организационное единство. Китай был разделен на викариаты, во главе которых стояли апостольские викарии (епископы). Сохранялось и подчинение единому центру ватиканской Конгрегации пропаганды веры. Раз в пять лет проходил съезд епископов, рекомендации которого после утверждения Ватиканом становились обязательными для всех католических организаций в Китае.

В Пекине католики имели четыре больших храма. Бэйтан (Северный храм) принадлежал лазаристам, возглавлял приход Фавье. При Бэйтане действовали типография, оркестр, школа и детский приют. Столичная Чжили была одной из китайских провинций, где деятельность миссионеров во второй половине XIX века отличалась особой активностью. Количество католиков там превышало 100 тыс. человек. Католические миссии активно работали в провинции Шэньси. Посетив в 1888 г. город Сиань, один русский торговец писал: «В настоящее время в городе есть храм католических миссионеров, но храм закрыт, и миссионеры со своим епископом живут в городке Гао–лин–сянь, в 40 верстах от Си–ань–фу, где имеют храм и обращенных в католичество китайцев; в городе же отправлять богослужение и вообще селиться миссионерам китайские власти не дозволяют».

Следующая ближайшая миссия находилась в «порядочном селении» в 10 ли от г. Чишаньсянь. Католическую миссию в городе Ханьчжунфу описал путешественник П. Я. Пясецкий. Со второй половины 60–х годов XIX века ее возглавлял итальянец из Вероны Пиус Види (Pius Vidi). Миссия располагалась в деревянном доме, который был «выстроен совершенно в китайском стиле, но просторнее, с большим комфортом и содержится чище». Русский путешественник отмечал: «кажется, миссия действует не особенно успешно; вообще мне кажется, что в Китае христианство существует более номинально или из расчетов».

По крайней мере, на момент ее время посещения, на службе в храме присутствовало лишь 25 мужчин и 12 женщин китайцев. В провинции Шаньси также был свой католический епископ с резиденцией в Тайюане. В Чэнду прочные позиции занимала «Missions Etrangeres», считавшаяся старейшей в Китае и ведущая отсчет времени своего существовавшая с XVIII века. К концу XIX века в этом районе насчитывалось 30 тыс. неофитов этой миссией. В районе Ханькоу в начале ХХ века жило более 200 христианских миссионеров. Резиденция католического епископа находилась в соседнем Учане, там же действовали 3 духовных семинарии и 150 католических школ. Примерно столько же миссионеров проживало в районе Чифу на севере Шаньдуна.

Огромную роль в деле распространения католичества в Китае сыграли китайцы–католики, много сделавшие для сближения христианства с китайской культурой. Видным реформатором был сын чиновника Ма Сянбо. Он окончил иезуитский колледж в Шанхае, в 1872 г. был рукоположен в сан священника и стал настоятелем этого колледжа. В 1876 г. он вынужден был уйти в отставку и покинуть Общество иезуитов. Проработав долгое время помощником канцлера Ли Хунчжана, Ма в 1899 г. вернулся в Общество иезуитов, а в 1903 г. основал в Шанхае Академию Аврора (Чжэньдань сюэюань), положившую начало знаменитому Фуданьскому институту.

Интересная история обращения в христианство сохранилась в деревне Саньбань провинции Гуанси. Глава самой влиятельной в деревне семьи Хуан, уважаемый мастер фэн–шуй и древних даосских практик, вполне в духе классических китайских романов вызвал на поединок католического миссионера, случайно оказавшегося в этих краях. В результате теологической дискуссии, продолжавшейся три дня и две ночи, даос признал свое поражение. Семья Хуан приняла после этого христианство.

В конце XIX века, согласно данным гонконгского католического журнала «The Roman Catholic Register», в Китае работали 41 католический епископ, 664 европейских священника и 559 священников–китайцев. Католики имели в стране 2000 низших и 34 высших католических школы, 34 монастыря, 3000 церквей и часовен. Китайская католическая паства насчитывала 1 092 813 человек. По другим данным, к началу ХХ века в Цинской империи работало около 900 католических миссионеров и насчитывалось около 700 тыс. китайцев–католиков.